Zaštićena područja su otvorena utjecaju prirodnih i antropogenih faktora. U cilju očuvanja njihove biološke raznolikosti, funkcija i općekorisnih vrijednosti, te u cilju osiguranja održive upotrebe njihovih resursa od strane čovjeka, potreban je konsenzus između različitih vlasnika, korisnika i zainteresiranih stranaka. Proces uključuje opisivanje sadašnjeg stanja, određivanje ciljeva i poduzimanje potrebnih radnji da bi se ciljevi ostvarili.
Javna ustanova upravlja područjem Kopačkog rita u cilju njegove dugoročne zaštite, održavanja, očuvanja i promicanja, a na dobrobit sadašnjeg lokalnog stanovništva i budućih generacija. U tu svrhu izrađuje se godišnji program zaštite, održavanja, očuvanja, promicanja i korištenja Parka prirode "Kopački rit" u kojem su navedene sljedeće aktivnosti za 2010. godinu:
Zaštita, održavanje i očuvanje
- Izrada planskih dokumenata i dokumenata upravljanja
- Plan upravljanja
- Znanstvena i stručna istraživanja, studije i monitoring
- Provedba Akcijskog plana za zaštitu orla štekavca (međunarodni program prstenovanja u boji
- Praćenje kvalitete površinskih voda
- Provedba Akcijskog plana za zaštitu vodenih i močvarnih staništa
- Istraživanje ihtiofaune
- Nastavak projekta "Praćenje tektonskih i hidrogeoloških aktivnosti PP Kopački rit"
- Monitoring dabra
- Zimsko prebrojavanje ptica močvarica
- Monitoring gniježđenja i prstenovanje kolonijalnih vrsta ptica
- Monitoring gniježđenja i prstenovanje bijele i crne rode
- Monitoring ptica močvarica
- Monitoring rike običnog jelena
- Monitoring vidre
- Nastavak radova vezanih uz razvoj sustava integralne baze podataka i njenog umrežavanja s GIS sustavom
Programi očuvanja ekosustava
- Program zaštite vodenih ekosustava u temeljnoj zoni
- Program zaštite šumskih ekoloških sustava
- Akcijski plan zaštite šume Kompleksa dvorca Tikveš
- Provedba Akcijskog plana zaštite Ribnjaka Podunavlje
- Programi kartiranja i uklanjanja invazivnih vrsta
- Programi očuvanja autohtonih pasmina i restauracije ugroženih staništa
- Akcijski plan zaštite vodenih ekoloških sustava u Temeljnoj zoni PP Kopački rit
Obnova kulturne baštine i investicijski programi
- Nastavak obnove historicističkog Novog dvorca Tikveš
- Nabava novog posjetiteljskog broda
- Izgradnja edukacijskog centra "Stari brijest"
- Označavanje ulaza u Park prirode i nastavak izgradnja posjetilačke staze "Stari brijest"
Održavanje
- Održavanje posjetilačkih staza, putova i sl.
- Održavanje nekretnina i komunalne infrastrukture
- Održavanje pokretne imovine
- Programi prikupljanja i uklanjanja otpada
Nadzor i protupožarna zaštita
- Nadzor korisnika unutar Parka prirode
- Nadzor ribolovnog područja
- Nadzor kanalske mreže i ostalih vodenih područja
- Nadzor ulaza, kretanja posjetitelja i prometa
- Nadzor rada izvođača radova unutar Parka prirode
- Protupožarna zaštita
Promicanje i korištenje
- Unapređenje sustava posjećivanja
- Promicanje parka
- 2010. – Međunarodna godina biološke raznolikosti
Institucionalno jačanje
- Obrazovanje vlastitih djelatnika
- Zapošljavanje novih djelatnika
