Osnovni je cilj Plana upravljanja utvrđivanje uvjeta, rješenja, načina i postupaka za uspostavu dugoročnog sustava zaštite biološke raznolikosti krajobraznih vrijednosti i sustava upravljanja prostorom Kopačkog rita na načelima održivog korištenja prirodnih, kulturnih i drugih dobara.
Tri glavna cilja koja se žele dostići izradom Plana upravljanja su slijedeća:
1) osigurati očuvanje i restauraciju nekad postojeće biološke raznolikosti Parka prirode, osobito rijetkih i ugroženih vrsta i njihovih staništa;
2) osigurati očuvanje i povećanje funkcija i vrijednosti vlažnih područja;
3) osigurati održivo korištenje Parka prirode kroz promociju i razvoj ekološki prihvatljivih vidova turizma, ribarstva, poljoprivrede, lovstva i šumarstva

Planom upravljanja odredit će se mjere zaštite staništa i vrsta te definirati upravljanje Parkom u svrhu kontrole gospodarskih aktivnosti tako da ne narušavaju ekološke vrijednosti Parka. Realizacija navedenog cilja temeljit će se prije svega na zaštiti staništa i vrsta zbog kojih je Kopački rit međunarodno priznat temeljem Ramsarske konvencije. Upravljanje vodnim režimom biti će prema definiranim uvjetima za očuvanje biološke i krajobrazne raznolikosti i s ciljem smanjenja vanjskih antropogenih utjecaja na zasipavanje, eroziju, eutrofizaciju i povećane ekološke rizike.

Provedba mjera zaštite organizirat će se na zonalnom principu radi bolje operacionalizacije upravljanja područjem Parka prirode. Unutar Parka prirode postoje tri cjeline koje se međusobno značajno razlikuju po morfološkim, hidrografskim, biološkim i gospodarskim uvjetima.
1) zona temeljnog fenomena - područje koje se nalazi između obala rijeke Dunav i obrambenih nasipa. Zona je pod utjecajem redovitih prirodnih poplava rijeke Dunav tako da voda slobodno ulazi u i izlazi iz poplavnog područja. U prosjeku je poplavljena tri mjeseca godišnje i karakterizira je specifični reljef, mozaičan raspored biljnih zajednica i izuzetna biološka raznolikost. Od čovjekovih aktivnosti prisutne su šumarstvo, lovstvo i ribolov.
2) prijelazna zona - nalazi se zapadno od obrambenih nasipa do granica poljoprivrednih površina. U ovoj zoni redovite poplave su spriječene izgradnjom nasipa, te je hidrološki režim znatno izmijenjen. Prirodna staništa su djelomično izmijenjena pod utjecajem intenzivnog šumarstva, lovstva i vodnog gospodarstva. Ovo područje većinom sadrži šumske sastojine i velike tršćake, te uključuje i šaranske ribnjake.
3) puffer zona - nalazi se zapadno od prijelazne zone do granica prvobitne poplavne doline i naselja. Prvobitna močvarna, šumska i vlažna staništa su u ovoj zoni u potpunosti uništena i pretvorena u poljoprivredne površine, a hidrologija područja gotovo u potpunosti ovisna o ljudskim aktivnostima. Intenzivna mreža melioracijskih kanala i nekoliko velikih farmi životinja su glavne karakteristike ovog područja. Pod utjecajem intenzivnih čovjekovih aktivnosti biološka raznolikost ovog područja je znatno smanjena, ali područje predstavlja idealan teren za buduće projekte restauracije prirodnih staništa, te za odvijanje rekreativnih aktivnosti unutar Parka.

Plan upravljanja Kopačkim ritom dati će model usklađenja interesa svih korisnika prostora Parka prirode i graničnih područja s posebnim naglaskom na interese lokalnog stanovništva kao jednog od najvažnijih čimbenika u provedbi održivog razvoja. Također će se predvidjeti i zona u kojoj će se provoditi aktivne mjere smanjenja rizika. Načinit će se i koncepcija određivanja ukupne vrijednosti (vrednovanja Parka prirode) s obzirom na njegov značaj kako za Republiku Hrvatsku tako i za širu regiju. Prirodne osobitosti i vrijednost cijelog područja Parka prirode su prije svega u sačuvanim krajobraznim obilježjima karakterističnim za poplavna područja Podunavlja uz značajne reljefne specifičnosti koji su rijetkost u svjetskim razmjerima. Nadalje velika biološka raznolikost je ne samo od europskog nego i globalnog značaja. Kopački rit je odmorište velikom broju ptica močvarica tijekom njihove selidbe a ujedno je i najveće mrjestilište riba u srednjem toku Dunava i donjem toku Drave. Definiranje svih vrijednosti ovog prostora biti će vrlo bitna komponenta za daljnji razvitak Parka prirode Kopački rit.
Primjenom Plana upravljanja kao strateškog dokumenta u upravljanju Parkom prirode Kopački rit osigurat će se razumno korištenje prirodnih dobara na principima održivosti i na dobrobit sadašnjih i budućih naraštaja što je temeljna odrednica Nacionalne strategije zaštite okoliša vezana uz zaštitu prirode i biološke raznolikosti.

Republika Hrvatska dobila je 1997. godine zajam u iznosu od 37. mil. US$ od Međunarodne banke za obnovu i razvoj (IBRD) za potrebe projekta obnove Istočne Slavonije, Baranje i Zapadnog Srijema. Unutar tog zajma namijenjena su sredstva za zaštitu Parka prirode Kopački rit i izradu Plana upravljanja Parkom prirode Kopački rit.

Hrvatske vode, koje su od strane IBRD-a zadužene za realizaciju zajma, u listopadu 2000. godine pokrenule su postupak izbora najpovoljnijeg ponuditelja za realizaciju ŤKonzultantskih usluga za izradu Plana upravljanja Parkom prirode Kopački rit (oznaka projekta: HV/ICB/D4.IV.1/01).

Projektni zadatak za izradu Plana upravljanja predviđa izradu plana upravljanja u nekoliko faza:

1) Izrada Sektorskih studija koje pokrivaju osnovne prirodne, gospodarske i socio-ekonomske elemente na području Parka prirode Kopački rit
2) Izrada Nacrta Plana upravljanja temeljem podataka sakupljenih u Sektorskim studijama i poštovanjem strukture i postupka izrade planova upravljanja definiranih Uputama Ramsarske konvencije za izradu planova upravljanja
3) Izrada konačne verzije Plana upravljanja Parkom prirode Kopački rit, a nakon provedenih rasprava sa svim zainteresiranim strankama (lokalnim stanovništvom, korisnicima, ostalim vladinim i nevladinim udrugama)

U planu je izrada 12 sektorskih studija: Geografija i geologija, Biološka raznolikost, Hidrologija, Upravljanje vodama, Šumarstvo, Poljoprivreda i stočarstvo, Ribarstvo, Lovstvo, Turizam, Infrastruktura, Socio-ekonomska studija, te Zakonodavstvo.
Svaka Sektorska studija mora sadržavati slijedeće elemente:
- povijesni pregled vezan za tematiku studije
- opis postojeće situacije
- opis optimalne situacije
- prijedlog mjera upravljanja u odnosu na postojeće stanje i postizanje optimalne situacije
- vremensku skalu potrebnu za provođenje predvođenih mjera
- analizu troškova potrebnih za provođenje predloženih mjera prijedlogom potencijalnih izvora financiranja

Nakon provedenog natječaja, za konzultanta i izrađivača plana upravljanja je izabrana tvrtka ELEKTROPROJEKT d.d. s partnerima: Pedagoškim i Poljoprivrednim fakultetom Sveučilišta J.J. Strossmayer iz Osijeka, i Hidroing-om d.o.o. iz Osijeka. Ugovor s konzultantima je potpisan u prosincu 2001. godine.

Do danas su napravljeni nacrti sektorskih studija. Konačna verzija sektorskih studija se očekuje do kraja studenog 2002. godine.

Plan upravljanja Parkom prirode Kopački rit, temeljem Uputa Ramsarske konvencije za izradu planova upravljanja u konačnici treba imati slijedeći izgled:

Sadržaj plana upravljanja

1. Uvod (Preambula)
2. Opis
3. Ocjena stanja i ciljevi (što treba učiniti?)
4. Akcijski planovi i potrebne radnje (kako to učiniti?)

1. Uvod (Preambula)
Uvod predstavlja kratak paragraf koji opisuje polazišta, široko definira međunarodne i nacionalne zakonodavne okvire, te interese lokalnih zajednica i interesnih skupina, uključujući NVO, koje su zainteresirane za izradu i provedbu plana upravljanja.

Preambula bi također trebala uključiti osnovne ciljeve i obveze zaštite prirode. Prema nacrtu novog zakona o zaštiti prirode to bi predstavljalo:
1) Očuvanje, obnavljanje i povećanje postojeće biološke i krajobrazne raznolikosti
2) Trajno očuvanje ekoloških svojstava, funkcija i vrijednosti zaštićenog područja
3) Održivu upotrebu prirodnih dobara na dobrobit sadašnjih i budućih naraštaja bez bitnog oštećivanja prirode i uz što manje narušavanje ravnoteže njenih sastavnica
4) Sprječavanje štetnih zahvata i poremećaja nastalih djelovanjem ljudi, nastalih kao posljedica tehnološkog razvoja i obavljanja djelatnosti
5) Osiguravanje zakonske zaštitu preostalih nezaštićenih područja

2. Opis
Ovaj dio predstavlja osnovni opis područja temeljen na postojećim informacijama. On također treba identificirati sve nedostatke potrebnih informacija (tzv. "rupe u znanju"). Opis će služiti kao temelj budućem programu monitoringa, koji će u konačnici identificirati sve promjene u području.
U slučaju da će Plan upravljanja biti objavljen, osjetljivi podaci o rijetkim vrstama trebaju ostati povjerljivi.

3. Ocjena stanja i ciljevi (što treba učiniti?)
Ocjena stanja odnosi se na osnovne karakteristike područja, a vrši se na temelju prethodnog opisa. Trebala bi uključiti slijedeća poglavlja (što ovisi o karakteristikama pojedinog područja):
- Veličina i položaj ekološke cjeline: najpovoljniji uvjeti za dobro upravljanje su na onim područjima koji predstavljaju ekološku cjelinu. Manja područja prilikom planiranja trebaju uzeti u obzir i utjecaje koji dolaze izvan granica samog područja.
- Biološka raznolikost: zavisna je od tipa staništa i veličine područja
- Prirodnost: sa gledišta zaštite prirode ovo je jedan od najvažnijih poglavlja u ocjeni stanja
- Rijetkost: zaštićena područja su često odabrana na temelju rijetkih vrsta, zajednica, staništa ili krajobraznih vrijednosti. Pri tome se osobito uzimaju u obzir stupanj rijetkosti i uzroci njihove rijetkosti.
- Osjetljivost: prema prirodnim ili antropogenim utjecajima
- Tipičnost: osim rijetkosti, pažnja se mora posvetiti i vrijednostima tipa: najbolji primjer tipičnog staništa unutar pojedine regije itd.
- Povijest područja: uključuje biološke, arheološke i paleontološke vrijednosti koje nam služe za bolje razumijevanje razvoja područja, kao i utjecaja čovjeka u prošlosti što nam može pomoći prilikom određivanja budućih aktivnosti
- Restauracijski potencijal: ocjena stanja treba uzeti u obzir da li potencijalna vrijednost područja manje kvalitete opravdava upotrebu rijetkih resursa
- Estetske, kulturne i religiozne vrijednosti: osim već navedenog uključuje i pejzažne vrijednosti
- Socio-ekonomske vrijednosti: uključuje direktne ekonomske vrijednosti (cijena drveta, divljači, itd.) i indirektne vrijednosti (npr. kontrola erozije, održavanje kvalitete vode, samo-pročišćavanje vode, održavanje površinskih i podzemnih voda, doprinos klimatskoj stabilnosti itd.)
- Edukacija i utjecaj javnosti: ocjenjuje potencijal za edukaciju učenika, studenata, političara i opće javnosti
- Rekreacija: potrebno je ocijeniti da li je rekreativni potencijal kompatibilan sa ciljevima zaštite
- Istraživanje: osim potencijala područja za daljnja znanstvena istraživanja, treba uzeti u obzir i osjetljivost područja na istraživanja. Istraživanja će biti temelj za donošenje daljnjih odluka i mjera upravljanja

Dugoročni ciljevi upravljanja
Nakon i na temelju opisa i ocjene stanja definiraju se dugoročni ciljevi upravljanja. Donošenje dugoročnih ciljeva treba biti isključivo na temelju znanstvene ocjene stanja i ne smije biti pod utjecajem drugih faktora (npr. politike, interesnih lobija itd.). Dugoročni ciljevi mogu biti opisani sažeto ili detaljno, a uobičajeno reflektiraju temeljne ciljeve definirane u Uvodu (Preambuli).

Faktori koji utječu na ostvarivanje dugoročnih ciljeva
Svi bitni faktori koji bi mogli utjecati ili onemogućiti ostvarivanje Dugoročnih ciljeva trebaju biti identificirani. Ti faktori se mogu podijeliti na slijedeće kategorije:
- Unutarnji prirodni faktori - npr. sukcesija, promjene vodnog režima itd.
- Vanjski prirodni faktori - faktori koji dopiru izvan granica područja npr. promjena klime
- Unutarnji antropogeni faktori - npr. širenje stranih vrsta, uznemiravanje, zagađenje
- Vanjski antropogeni faktori - npr. povećana sedimentacija uzrokovana uzvodnom erozijom itd.
- Faktori koji nastaju zbog zakonodavstva ili tradicije - zakonodavne obveze mogu spriječiti ostvarivanje dugoročnih ciljeva; tradicionalna upotreba uključuje lovstvo, šumarstvo, religiozne obrede (npr. "sveta zemlja" kod sjevernoameričkih Indijanaca)
- Fizički faktori - npr. fizička dostupnost područja može otežavati provođenje plana
- Postojeći resursi - uključuje ljudstvo i financijska sredstva za provođenje plana upravljanja

Na temelju opisa svih gore navedenih faktora donosi se sažetak koji logično dovodi do identifikacije Ostvarivih (operativnih) ciljeva. Ostvarivi ciljevi se mogu znatno razlikovati od dugoročnih ciljeva, ali trebaju usmjeravati prema njihovom ostvarenju.
Ostvarivi ciljevi također uključuju princip "granice prihvatljivih promjena". Taj koncept predstavlja vrlo koristan alat koji definira do koje granice su pojedine promjene prihvatljive. One moraju uzeti u obzir kapacitet staništa ili područja. Lovne kvote za pojedine vrste su jedan od primjera. Kada su tako postavljene granice dostignute, ukazuje se potreba za hitnom akcijom. U kontroli postavljenih granica monitoring predstavlja logičnu i najvažniju mjeru (aktivnost).

4. Akcijski planovi i potrebne radnje (kako to učiniti?)
Radni plan
Postavljanje ostvarivih tj. operativnih ciljeva dovodi do postavljanja radnog plana tj. daje odgovor na pitanje: na koji način ostvariti operativne ciljeve? Za velika i kompleksna područja, s mnogo interesnih skupina i aktivnosti, "opći" tj. "krovni" plan za upravljanje prirodnim resursima i održavanjem biološke raznolikosti treba biti uspostavljen. Unutar njega, ZONACIJA može biti vrlo koristan alat kako bi se spriječili konflikti među korisnicima. Svaka zona može imati i svoj zasebni pod-plan.
Unutar Radnog plana definiraju se opcije za upravljanje. One mogu biti sažete unutar slijedećih kategorija:
- upravljanje staništima – s opcijama "ništa ne diraj" (ali koja ne isključuje monitoring), ograničena intervencija ili aktivno upravljanje
- upravljanje vrstama - s opcijama "ništa ne diraj"; kontrola, redukcija ili istrebljivanje populacija; poticaj i povećanje populacija; reintrodukcija; i introdukcija
- upotreba prirodnih resursa: s opcijama upotreba nedozvoljena, tradicionalna upotreba, upotreba koja uzima u obzir održivost
- pristup: s opcijama nepristupačno, ograničena dostupnost, djelomično otvoren pristup ili otvoreni pristup
- edukacija, interpretacija i komunikacija: s opcijama bez ograničenja, ograničena komunikacija za ciljne skupine, javna promocija ili posebna promocija
- istraživanje: s opcijama bez infrastrukture, specijalizirana infrastruktura, kontrolirana infrastruktura ili otvorena infrastruktura

Projekti
Opći plan rada se dalje dijeli na jasno odijeljene jedinice zvane "projekti". Svaki opis projekta treba sadržavati, ili dati smjernice i reference, dovoljno informacija kako bi odgovorna pravna ili fizička osoba mogla dovršiti posao predviđen projektom.
Opis projekta uključuje detalje o:
- potrebnom broju osoba zaduženih za izvedbu
- vrijeme izvođenja radova
- koliko dugo (vremenski) traje izvedba projekta
- koliko košta izvedba projekta
Projekti i njihova izvedba se klasificiraju prema prioritetima.

Na temelju tako izrađenog Plana upravljanja definiraju se godišnji i financijski programi, te se mogu planirati radni programi za zaposlene djelatnike.